Vào tháng 11 năm 1648, trong cuộc nổi dậy Khmelnytsky, Zamość bị bao vây bởi lực lượng Cossack — Tatar chung dưới sự chỉ huy của Bohdan Khmelnytsky và Tugay Bey. Pháo đài được bảo vệ bởi khoảng 4700 binh sĩ dưới quyền của Elbląg Ludwik Weyher và Wladyslaw Myszkowski. Ngoài ra, phía trong các bức tường thành phố, có rất nhiều người tị nạn từ vùng đất Red Ruthenia, Podolia và Volhynia.

Vào ngày 5 tháng 11, kẻ thù đã đốt cháy các ngôi làng gần đó, nhưng pháo đài đã không bị ảnh hưởng. Ngay sau đó, các kỹ sư của Cossack đã tìm cách loại bỏ nước khỏi gò đất phía nam, để lộ bức tường ở khu vực đó. Tuy nhiên, lực lượng của Khmelnytski không đủ, và mùa đông đang đến gần. Vì cùng nhận thức được tình hình khó khăn của họ, cả hai bên đã ký một thỏa thuận ngừng bắn. Với giá 20 000 bùa, lực lượng Cossack-Tatar quyết định chấm dứt cuộc bao vây và trở về vào mùa đông.[7]